Zgodnie z ustawą z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej do zadań Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego należy:

1. wykonywanie kontroli celno-skarbowej z wyłączeniem kontroli, o której mowa w dziale IIB Ordynacji podatkowej oraz art. 54 ust. 2 pkt 9 ustawy o KAS;
2. dokonywanie nabycia sprawdzającego;
3. ustalanie i określanie podatków, opłat i niepodatkowych należności budżetowych oraz innych należności na podstawie odrębnych przepisów;
4. rozstrzyganie w drugiej instancji w sprawach, o których mowa w art. 83 ust. 1 ustawy o KAS;
5. prowadzenie urzędowego sprawdzenia;
6. obejmowanie towarów procedurami celnymi oraz wykonywanie innych czynności przewidzianych przepisami prawa celnego;
7. wymiar należności celnych i podatkowych oraz innych opłat, związanych z przywozem i wywozem towarów;
8. prowadzenie w pierwszej instancji postępowań w sprawach celnych przewidzianych przepisami prawa celnego oraz w sprawach podatkowych związanych z przywozem lub wywozem towarów;
9. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw skarbowych i wykroczeń skarbowych, zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom oraz ściganie ich sprawców, w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;
10. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw określonych w ustawie z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, zapobieganie tym przestępstwom oraz ściganie ich sprawców;
11. rozpoznawanie, wykrywanie i zwalczanie przestępstw i wykroczeń określonych w:

a) art. 53 ustawy z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach,

b) art. 116-118 ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych,

c) art. 34a ust. 1 ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach,

d) art. 183 § 2 i 4-6, w przypadku czynów, o których mowa w art. 183 § 2, 4 i 5 Kodeksu karnego,

e) art. 244 Kodeksu karnego, w zakresie niestosowania się do zakazu wstępu do ośrodków gier i uczestnictwa w grach hazardowych,

f) art. 29a ust. 1 ustawy z dnia 27 czerwca 1997 r. o bibliotekach,

g) art. 305 ustawy z dnia 30 czerwca 2000 r. - Prawo własności przemysłowej,

h) art. 33 ust. 1, 2 i 3 ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. o obrocie z zagranicą towarami, technologiami i usługami o znaczeniu strategicznym dla bezpieczeństwa państwa, a także dla utrzymania międzynarodowego pokoju i bezpieczeństwa,

i) art. 12a, art. 13 i art. 14 ustawy z dnia 2 marca 2001 r. o wyrobie alkoholu etylowego oraz wytwarzaniu wyrobów tytoniowych,

j) art. 108a i art. 109 ustawy z dnia 23 lipca 2003 r. o ochronie zabytków i opiece nad zabytkami,

k) art.128, art. 131 pkt 4 w zakresie, o którym mowa w art. 73 ust. 1 pkt 2, oraz art. 131 pkt 14 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody,

l) art. 55, art. 57, art. 61 i art. 66 ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przeciwdziałaniu narkomanii,

m) art. 41, art. 43 i art. 44 ustawy z dnia 18 października 2006 r. o wyrobie napojów spirytusowych oraz o rejestracji i ochronie oznaczeń geograficznych napojów spirytusowych,

n) art. 12 ustawy z dnia 13 kwietnia 2016 r. o bezpieczeństwie obrotu prekursorami materiałów wybuchowych,

o) art. 34 ust. 1 pkt 2 i 3 oraz art. 35 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 sierpnia 2021 r. o gatunkach obcych,

- oraz zapobieganie tym przestępstwom i wykroczeniom, a także ściganie ich sprawców, jeżeli zostały ujawnione przez Służbę Celno-Skarbową;
wykonywanie środków karnych i zabezpieczających w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;

12. wykonywanie środków karnych i zabezpieczających w zakresie określonym w Kodeksie karnym skarbowym;
13. wykonywanie orzeczeń o przepadku towarów nieunijnych;
14. realizacja zadań, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 15, 16a i 16c ustawy o KAS;
15. wykonywanie czynności, o których mowa w art. 113-117, art. 118 ust. 1-17, art. 120 ust. 1-6, art. 122-126, art. 127 ust. 1-5, art. 127a ust. 1, 2 i 6-12, art. 128 ust. 1, art. 131 ust. 2 i 5 i art. 133 ustawy o KAS;
16. współpraca w zakresie wymiany informacji podatkowych, celnych i finansowych z państwami członkowskimi Unii Europejskiej oraz z państwami trzecimi określonych przepisami prawa międzynarodowego;
17. prowadzenie działalności analitycznej, prognostycznej i badawczej oraz analizy ryzyka dotyczącej zjawisk występujących w obszarze jego właściwości;
18. zapewnianie ochrony fizycznej i technicznej osobom zatrudnionym w jednostkach organizacyjnych KAS oraz funkcjonariuszom, a w uzasadnionych przypadkach także innym osobom, organom i instytucjom państwowym;
19. współdziałanie z Szefem Krajowej Administracji Skarbowej przy realizacji zadań w ramach współdziałania, o którym mowa w dziale IIB Ordynacji podatkowej;
20. wykonywanie innych zadań określonych w odrębnych przepisach.

Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego wykonuje swoje zadania przy pomocy Urzędu Celno-Skarbowego.